Debido al proceso de semiconductores altamente reproducible, las intensidades de fluorescencia medidas en la plataforma CytoFLEX son lineales a las correspondientes configuraciones de ganancia del detector. Debido a la linealidad de la ganancia del semiconductor, la matriz de compensación obtenida con una configuración de ganancia puede utilizarse para experimentos reales con configuraciones de ganancia diferentes. Los elementos de la matriz de compensación obtenidos con configuraciones de ganancia diferentes pueden mezclarse para formar una matriz completa, la biblioteca de compensación.